דיווח ממצא אקראי בבדיקות גנטיות

מתוך Genopedia - פרופ' מוטי שוחט

גרסה מתאריך 11:51, 3 במרץ 2015

מילים נרדפות: דיווח על ממצאים אקראיים. ממצאים מקריים. ממצאים אקראים. ממצא מקרי.

רקע:

בבדיקות גנטיות מודרניות כמו ריצוף אקסומי או ריצוף גנומי נבדקת כמות עצומה של החומר הגנטי של נבדק. כתוצאה מכך מתגלים שינויים רבים באקראי. כלומר הבדיקה בוצעה לגלות סוגיה רפואית מסויימת אבל מתגלית מוטציה בגן שאינו רלוונטי לסוגיה זו. השינוי יכול להיות מסוגים שונים - לדוגמא:

- שינוי שהוא מוטציה הידועה בגן שמשמעותו היא כי לנבדק נטייה מוגברת למחלה שניתן למנוע אותה ולהציל בכך חיים. לדוגמא מוטציה הגורמת לנטייה מוגברת לסרטן שד או שחלה (בגן BRCA1 או BRCA2), או באחד הגנים הגורמים לנטייה לסרטן מעי גס, וכדומה. זה שינוי שחשוב לנבדק לדעת.

- שינוי שהוא מוטציה הידועה בגן שמשמעותו היא כי לנבדק נטייה מוגברת למחלה שלא ניתן למנוע אותה ולכן לא ניתן באמצעותה להציל בכך חיים או למנוע את המחלה אם תגיע - לדוגמא מוטציות הגורמות להלצהיימר או לפרקינסון או למחלה נוירולוגית חשוכת מרפא אחרת. זה שינוי שיכול להזיק לנבדק.

- שינוי בגן מהסוג שמאפשר מניעה וחשוב לבריאות ולמניעת מחלות בנבדק, אבל טיב ומשמעות השינוי לא ברור דיו - כלומר לא ניתן לקבוע אם מדובר בשינוי מזיק (מוטציה) או שינוי שפיר (פולימורפיזם). כלומר משמעות השינוי, גם אם היא בגן מוכר וידוע, לא מוכרת ולא מאפשרת להסיק בשלב הזה מסקנה. אבל ייתכן ובעתיד יהיה ניתן להסיק מסקנה שתהיה חשובה לנבדק ולבריאותו. זה לדוגמא חשוב גם כן לנבדק לשמור אצלו ולבדוק מדי פעם משמעותו.

הנחיות איגוד הגנטיקאים לדיווח ממצאים אקראיים:

איגוד הגנטיקאים בארצות הברית (ACMG) המליץ כי מעבדות העורכות בדיקות מסוג ריצוף אקסומי או גנומי יחפשו ידווחו את השינויים בגנים החשובים לדיווח למטופל, גם אם הם אינם בסקופ של הסיבה לעריכת הבדיקה. נכללים ברשימה שלהם גנים שחשוב למטופל לדעת עליהם.

להלן הגנים שמומלץ לחפש בהם שינויים ולדווח למטופל:

Phenotype MIM - Disorder PMID -GeneReviews Entry Age of Onset Gene MIM - Gene Inheritance* Variants to Report# Hereditary Breast and Ovarian Cancer 604370, 612555 20301425 Adult BRCA1 113705 AD KP & EP BRCA2 600185 Li-Fraumeni Syndrome 151623 20301488 Child/adult TP53 191170 AD KP & EP Peutz-Jeghers Syndrome 175200 20301443 Child/adult STK11 602216 AD KP & EP Lynch Syndrome 120435 20301390 Adult MLH1 120436 AD KP & EP MSH2 609309 MSH6 600678 PMS2 600259 Familial adenomatous polyposis 175100 20301519 Child APC 611731 AD KP & EP MYH-Associated Polyposis; Adenomas, multiple colorectal, FAP type 2; Colorectal adenomatous polyposis, autosomal recessive, with pilomatricomas 608456, 132600 23035301 Adult MUTYH 604933 AR** KP & EP Von Hippel Lindau syndrome 193300 20301636 Child/adult VHL 608537 AD KP & EP Multiple Endocrine Neoplasia Type 1 131100 20301710 Child/adult MEN1 613733 AD KP & EP Multiple Endocrine Neoplasia Type 2 171400, 162300 20301434 Child/adult RET 164761 AD KP Familial Medullary Thyroid Cancer (FMTC) 1552401 20301434 Child/adult RET 164761 AD KP NTRK1 191315 Suspected AD PTEN Hamartoma Tumor Syndrome 153480 20301661 Child PTEN 601728 AD KP & EP Retinoblastoma 180200 20301625 Child RB1 614041 AD KP & EP Hereditary Paraganglioma- Pheochromocytoma Syndrome 168000 (PGL1) 20301715 Child/adult SDHD 602690 AD KP & EP 601650 (PGL2) SDHAF2 613019 KP 605373 (PGL3) SDHC 602413 KP & EP 115310 (PGL4) SDHB 185470 Tuberous Sclerosis Complex 191100, 613254 20301399 Child TSC1 605284 AD KP & EP TSC2 191092 WT1-related Wilms tumor 194070 20301471 Child WT1 607102 AD KP & EP Neurofibromatosis type 2 101100 20301380 Child/adult NF2 607379 AD KP & EP EDS - vascular type 130050 20301667 Child/adult COL3A1 120180 AD KP & EP Marfan Syndrome, Loeys-Dietz Syndromes, and Familial Thoracic Aortic Aneurysms and Dissections 154700, 609192, 608967, 610168, 610380, 613795, 611788 20301510, 20301312, 20301299 Child/adult FBN1 134797 AD KP & EP TGFBR1 190181 TGFBR2 190182 SMAD3 603109 ACTA2 102620 MYLK 600922 MYH11 160745 Hypertrophic cardiomyopathy, Dilated cardiomyopathy 115197, 192600, 601494, 613690, 115196, 608751, 612098, 600858, 301500, 608758, 115200 20301725 Child/adult MYBPC3 600958 AD KP & EP MYH7 160760 KP TNNT2 191045 KP & EP TNNI3 191044 KP TPM1 191010 MYL3 160790 ACTC1 102540 PRKAG2 602743 GLA 300644 XL KP & EP (hemi, het, hom) MYL2 160781 AD KP LMNA 150330 KP & EP Catecholaminergic polymorphic ventricular tachycardia 604772 RYR2 180902 AD KP Arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy 609040, 604400, 610476, 607450, 610193 20301310 Child/adult PKP2 602861 AD KP & EP DSP 125647 DSC2 125645 TMEM43 612048 KP DSG2 125671 KP & EP Romano-Ward Long QT Syndromes Types 1, 2, and 3, Brugada Syndrome 192500, 613688, 603830, 601144 20301308 Child/adult KCNQ1 607542 AD KP & EP KCNH2 152427 SCN5A 600163 Familial hypercholesterolemia 143890, 603776 Child LDLR 606945 SD KP & EP APOB 107730 SD KP PCSK9 607786 AD Malignant hyperthermia susceptibility 145600 20301325 Child/adult RYR1 180901 AD KP CACNA1S 114208 KP = known pathogenic, sequence variation is previously reported and is a recognized cause of the disorder; EP = expected pathogenic, sequence variation is previously unreported and is of the type which is expected to cause the disorder.

מקורות:

Green, MD Genet Med. 2013 Jul; 15(7): 565–574. ACMG Recommendations for Reporting of Incidental Findings in Clinical Exome and Genome Sequencing