ריצוף גנומי

מתוך Genopedia - פרופ' מוטי שוחט

מילים נרדפות: ריצוף הגנום, genome sequencing, exome sequencing, ריצוף של אקסונים, טריוס, ריצוף אקזומי.

מהי הבדיקה?

הבדיקה מנצלת התפתחות טכנולוגית חדשה המכונה "ריצוף מהדור החדש" - מדובר בהתפתחות טכנולוגית ממשית. עד כה קריאת הקוד הגנטי באדם מסויים התמקדה בקביעת רצף האותיות של גן מסויים. עלות בדיקת רצף של גן כזה בשיטות הקונבנציונליות הללו הינה כ-1,000$ לגן.

הטכנולוגיה של הריצוף מהדור החדש (new generation sequencing) מאפשרת קריאה בו זמנית של כל החומר הגנטי של אדם. הקיט של הבדיקה קורא כל מקטע דנ"א של הנבדק במקטעים, ואחר כך המחשב מחבר את הקטעים לרצף מלא. כל מקטע נקרא המכונה עשרות פעמים, והמחשב מסכם מהם האותיות שהם הנבדק שונה מהרצף הסטנדרטי.

העלות של קריאת כל הרצף של האדם ("הריצוף הגנומי") הינה כיום כ-3,000 דולר והיא צפויה לרדת למספר מאות דולרים עוד מספר שנים.לזה יש להוסיף את עלות הפיענוח (ביואינפורמטיקה) שמוערכת בכ-500 עד 1,000 דולר נוספים לכל נבדק. זמן הבדיקה לכל נבדק כיום יחסית ארוך. הבדיקה הטכנית 1-7 ימים, והאנליזה 2-3 חודשים.

עד היום הבדיקה בעיקר משמשת למחקר בכדי לקבוע את הגנים הקשורים במחלות שכיחות כמו סרטן, מחלות לב, סכרת ועוד. ועד היום נקראו בשיטה זו מעל 6,700 אנשים - המידע משמש לחוקרים.

בפרקטיקה הרפואית משתמשים היום יותר בשיטת ריצוף אקסומי - ראה שם.

מה יתרונותיה?

הבדיקה מאפשרת לבצע לאדם בדיקה גנטית אחת לכל חייו בעלות שבעתיד הקרוב תהייה זולה ממספר מאות דולרים. מרגע זה והילך הנבדק יכול להגיע לרופאים מתחומים שונים ולתת להם לייעץ לו לגבי סוגיות רפואיות רלוונטיות לו, תוך התחשבות במידע הגנטי באותו תחום. מתן תרופות לאדם זה יעשה לפי המידע הגנטי הזה, וככל שהידע יהיה יותר מבוסס ואמין, כך הרווח מהרצף של הנבדק יהיה יותר קריטי וחיוני.

חסרונות ומגבלות:

הבדיקה כיום הינה למחקר - בעתיד היא תהיה לשירות קליני.

פרט למחיר, לבדיקה יש חסרונות נוספים, והם כמובן חמורים יותר מאלו שתוארו תחת ריצוף אקסומי:

1. בבדיקה מתקבלים הרבה מאד שינויים של הרצף הגנטי (מעל מיליון) ושצריך לפענח מי מהם אחראי למחלה בנבדק. השינויים יכולים להיות:

- פולימורפיזם (שינויים חסרי כל השלכות רפואיות) - אלו קל יחסית לזהות והם לא מהווים בעיה בפירוש התוצאות.

- מוטציות ברורות - אלו יכולים להיות הגורם למחלה אבל לא בהיכרח, כיון שלאדם לעיתים יש מוטציות שאינן גורמות לנזק ועלולים בטעות לקבוע שזה הגורם למחלה.

- שינויים שטיבם אינו ברור - אלו יכולים להיות רבים ומקשים על הפיענוח ועל קביעת הגורם המדוייק למחלה בנבדק.

2. ייתכנו טעויות טכניות:

- לעיתים קריאת הרצף בשיטה זו קוראת בחלק מהמקטעים שינוי שכאשר הוא אחר כך נבדק בשיטות הקונבנציונליות הן לא אמיתיות.

- לעיתים מוטציה לא נקראת על ידי הבדיקה בזאת מסיבות טכניות השיטה יכולה להעדיף דוקא את האלל התקין של הנבדק.

לכן השיטה אמינה יותר כשיש מחלה מוגדרת, כשיש מספר חולים (ואז אפשר לבחון אמיתות הממצא בעוד נבדקים), כשיש מודל חיה לבדיקת השינוי והוכחת הנזק שהוא עושה, או כשהממצא הינו מוכר כבר בספרות.

כמו כן הבדיקה אמינה יותר כאשר נבדקים הילד החולה ו-2 הוריו - שיטת בדיקה המכונה trios = טריוס. השיטה אמנם מיקרת את הבדיקה אך מגדילה בצורה משמעותית את אמינותה.